水樣的采取、保存和均化是影響BOD5測定的又一因素。為保證測定結果的準確、可靠，必須使水樣保持均勻，且有代表性，因此在以下幾方面應引起重視

1、盛裝水樣的容器
盛裝水樣的容器不可用塑料容器。因為塑料容器在制造加工過程中需加入有機催化劑、引發劑、增塑劑和添加劑等，用這類容器盛裝水樣會產生有機污染。交聯度低且具有許多微孔的軟質塑料容器容易吸附水樣中的有機物，使結果偏低。因此，盛裝水樣的容器好使用磨口塞的玻璃儀器。

2、水樣的保存
首先將盛裝水樣的儀器用水樣淋洗，使器壁所吸附的成分與水樣一致。由于水樣中存在微生物，它會使有機物分解，引起BOD5的變化，因此采集的水樣應立即進行分析。如不能立即分析，需短時間保留，可向水樣中加入硫酸，使水樣pH<2。并置于0～5℃。

3、水樣的均化
廢水中會不可避免的含有懸浮物或固體大顆粒，這些物質的存在，嚴重地影響了水質的均化程度，導致BOD5測定結果失真。許多實驗已經證實這一點。因此，水樣均化對BOD5測定結果影響很大；對BOD5測定結果的度及準確度非常重要，尤其是對水質快速測定BOD5的方法更為重要。水質均化的方法，可借助水浴超聲器，作用5 min即可達到均化效果。

4、其它影響因素
（1）操作過程要細，溶液配制要準。所用試劑應為同一批號，同一廠家，同一質量，以免帶入系統誤差。
（2）所用儀器應用水或酸洗，盡可能不用肥皂水洗，以免帶入有機物而影響BOD5測定。如必須用肥皂水洗，也要洗后用酸泡，然后水洗，使用前應再用水樣淋洗。
（3）水樣回流消化分解時，冷凝要充分，避免有機物揮發造成損失，而影響BOD5測定。
（4）如果水樣中BOD5含量高，那么在稀釋時，取樣量不得小于5 mL，否則分析數據缺乏代表性¨ 。
（5）加熱回流期間，不可斷電、停水，否則影響BOD5測定結果。